MindSPONGE

介绍

MindSPONGE (MindSpore Simulation Package tOwards Next Generation molecular modelling)

一款基于MindSpore开发的模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库

本程序由深圳湾实验室、华为MindSpore开发团队、北京大学、昌平实验室共同开发

开发人员：杨奕，陈迪青，张骏，夏义杰

联系方式：yangyi@szbl.ac.cn

软件架构

安装教程

• MindSPONGE基于华为全场景人工智能框架MindSpore开发，使用前请先安装MindSpore：https://mindspore.cn/

• 安装MindSPONGE前需要先安装依赖环境：

pip install -r requirements.txt

• 编译程序

export CUDA_PATH={your_cuda_path}
bash build.sh -e gpu -j32

• 编译好的whl包在dist目录下，进入后可以使用pip进行安装：

pip install mindsponge-[gpu|ascend]

使用说明

使用教程在tutorials目录：

基础教程：

tutorial_b01.py: 手工创建一个模拟体系

tutorial_b02.py: 通过模板和力场参数创建一个模拟体系

tutorial_b03.py: 编辑体系与能量极小化

tutorial_b04.py: 带有偏向势的MD模拟

tutorial_b05.py: 周期性边界条件下的MD模拟

tutorial_b06.py: 蛋白质分子的能量极小化和MD模拟

tutorial_b07.py: LINCS约束算法

高级教程：

tutorial_a01.py: Metrics与集成变量（collective variables）

tutorial_a02.py: 偏向势（bias potential）与埋拓动力学（Metadynamics）

tutorial_a03.py: 能量包装器（Energy wrapper）与温度积分增强抽样（integrated tempering sampling）

tutorial_a04.py: 混合型增强抽样与MetaITS

博客教程：

MindSponge博客教程合集 [持续更新...]

参与贡献

1. Fork 本仓库
2. 新建 Feat_xxx 分支
3. 提交代码
4. 新建 Pull Request

特技

1. 使用 Readme_XXX.md 来支持不同的语言，例如 Readme_en.md, Readme_zh.md
2. Gitee 官方博客 blog.gitee.com
3. 你可以 https://gitee.com/explore 这个地址来了解 Gitee 上的优秀开源项目
4. GVP 全称是 Gitee 最有价值开源项目，是综合评定出的优秀开源项目
5. Gitee 官方提供的使用手册 https://gitee.com/help
6. Gitee 封面人物是一档用来展示 Gitee 会员风采的栏目 https://gitee.com/gitee-stars/